Bagian mana yang lebih dulu untuk di "refine" ?

Pada saat telah memperoleh data difraksi XRD dan/atau neutron, banyak pemula (termasuk saya dulu) yang bingung, darimana harus mulai me refine. Apalagi jika melihat di literatur, bahwa jumlah parameter yang di refine bisa lebih dari 20 (tergantung cuplikan/sample, bahkan bisa lebih). Apakah parameter kisi dahulu, ataukah posisi atom ? Apalagi jika kita punya banyak data dari cuplikan yang merupakan studi sistematik dari substitusi atom. Bagaimana strategi yang baik supaya hasil refinementnya bisa dibandingkan dengan adil ?

Pertanyaan di atas akan lebih mudah dijawab jika kita menyadari bahwa faktor dominan untuk refinement adalah intensitas perhitungan yang sebanding dengan faktor struktur absolut kuadrat. Faktor yang berperan untuk perhitungan faktor struktur adalah posisi atom. Namun demikian, pastikan puncak perhitungan yang akan dihasilkan berada pada posisi dimana terdapat puncak pengamatan. Maka secara garis besar, yang harus dilakukan terlebih dahulu adalah memastikan bahwa puncak (berdasarkan) perhitungan akan berada pada posisi puncak (berdasarkan) pengamatan. Dengan lain kalimat, pastikan dahulu parameter kisinya adalah sedemikian sehingga puncak perhitungan akan berada berimpit dengan puncak pengamatan. Dalam kasus yang lebih serius dimana struktur kristal belum diketahui, hal ini dapat memakan waktu yang paling banyak dan perlu digunakan software indexing. Baru setelah tahapan di atas selesai, kita lanjut memastikan posisi atomnya.

Demikian sekelumit pengantar untuk diskusi (jika ada yang tertarik).

Mengapa berkas neutron bisa mendeteksi sifat magnetik bahan ?

Bahan tersusun dari atom-atom penyusunnya. Atom-atom tersebut masing mempunyai inti atom (nuklir) yang terdiri dari proton dan neutron. Omong-omong, disinilah (nuklir maksudnya) BATAN harusnya berkiprah, karena namanya kan Badan Tenaga Nuklir Nasional (lingkupnya sempit sekali, hanya nuklir ... elektron bukan bagian dari nuklir ... ) .... ok lah, nama yang sempit tapi kenyataan yang terlalu luas (misalnya banyak mengerjakan yang tidak terkait dengan inti atom) bukan urusan level bawah macam aku.

Kembali ke neutron yang merupakan bagian dari nuklir...... Sekarang pertanyaanya adalah mengapa berkas neutron bisa mendeteksi sifat magnetik bahan ? Bagi yang menyukai tantangan, silahkan dijawab..... Boleh mencari jawaban melalui internet, artikel, buku atau apapun termasuk bacaan ringan yang bisa di download gratis di http://apurwanto.110mb.com/notes/disserto.pdf

Catatan: UCuSn yang dibahas di http://apurwanto.110mb.com/notes/bukuDifraksi.pdf dibahas lebih detail di http://apurwanto.110mb.com/notes/disserto.pdf

Sedikit catatan mengenai difraksi

Dalam dunia ilmiah, cukup banyak keadaan dimana suatu teknik yang tepat berperan sangat penting untuk mengambil informasi dari suatu eksperimen. Analogi sederhananya adalah pentingnya kunci L yang tepat untuk membuka sekrup berlubang segi-enam. Teknik difraksi untuk penentuan struktur kristal sesuai dengan analogi tersebut. Cukup banyak universitas besar dan lembaga penelitian di negeri ini yang mempunyai peralatan difraktometer sinar-X. Bahkan kita juga mempunyai difraktometer neutron dengan sumber reaktor nuklir untuk penelitian yang terbesar di Asia Tenggara. Kita dengan mudah dapat mengambil data dan menampilkan pola difraksi pada berbagai jurnal ilmiah nasional. Beberapa universitas mempunyai jurusan yang terkait dengan ilmu bahan yang membutuhkan pemahaman mengenai bahan kristal. Namun, tidak banyak yang menguasai dengan baik analisis data difraksi. Beberapa peneliti menganggap difraktometer sebagai alat ukur yang dioperasikan seperti tombol on-off lalu keluar hasil analisisnya. Sepengetahuan penulis, bahkan belum ada buku yang secara khusus ditulis oleh penulis Indonesia yang membahas teknik difraksi untuk penentuan struktur kristal.

Pemahaman penulis mengenai teknik difraksi baik dari berkas sinar-X maupun neutron untuk penentuan struktur kristal dapat didownload gratis di
http://apurwanto.110mb.com/notes/bukuDifraksi.pdf
Beberapa bab awal menekankan simetri sebagai alat untuk menggambarkan posisi atom. Setelah memahami simetri yang ada pada kristal, pembaca dapat dengan mudah melanjutkan ke beberapa bab akhir yang khusus membahas mengenai difraksi. Buku ini terutama ditujukan untuk para mahasiswa S1, S2 dan S3 dari fisika, kimia, dan metalurgi maupun ilmuwan muda yang baru memulai langkahnya di dunia difraksi. Berbagai soal latihan terkait, diberikan pada buku ini untuk memberi pembaca kesempatan memeriksa pemahaman terhadap materi yang disajikan. Materi ini pernah diajarkan pada mahasiswa S2 dari Materials Science Universitas Indonesia. Prasyarat pemahaman materi adalah matematika dan fisika tingkat SMA. Walaupun penulis sudah berkecimpung dalam bidang ini lebih dari 20 tahun, namun penulis mengakui bahwa penulis masih harus terus belajar, banyak menerima saran dan kritik. Penulis berharap buku ini berguna sehingga pembaca dapat menganalisis data difraksi untuk menentukan struktur kristal.

Sekali lagi, silahkan download file gratis tersebut di
http://apurwanto.110mb.com/notes/bukuDifraksi.pdf
Tolong agar di koreksi dan/atau komentari untuk penyempurnaan.

Simetri dan posisi atom dalam kristal

Dalam kristal, atom tersusun secara dalam 3 dimensi. Karena susunan tersebut, kita dapat memilih sel satuan terkecil yang kisi-kisinya tidak harus yang saling tegak lurus. Sel satuan tersebut berisi atom-atom yang bisa saja tidak sejenis. Sel satuan tersebut bisa saja berupa satu dari tujuh sistem kristal, antara lain triklinik, monoklinik, ortorombik dan lain-lain. Dalam satu sel satuan dengan sistem kristal tertentu, sering terdapat lebih dari satu atom. Kubus dengan simetri tertinggi, bahkan bisa mempunyai 192 atom (kalau tak salah ?) untuk satu sel satuannya. Pertanyaannya adalah apakah (selain atom) dalam sel satuan suatu kristal ada cermin, sumbu putar, titik inversi dan gabungannya ? Kalau tidak ada, mengapa dalam tabel kristalografi atau website kristalografi seperti http://www.cryst.ehu.es/ selalu mengandung pembahasan mengenai simetri lebih banyak daripada pembahasan mengenai posisi atom ? Mengapa tidak cukup dengan posisi atom saja yang di tabelkan ?

Dalam keadaan nyata, memang yang ada dalam bahan kristal adalah atom tertentu dengan posisinya yang tertentu. Elemen simetri seperti cermin, sumbu putar, inversi atau gabungannya (termasuk translasi) hanya merupakan prosedur klasifikasi sistematik yang ditemukan manusia agar posisi atom dalam bahan kristal menjadi tidak tak-hingga kemungkinannya. Simetri tersebut dapat membentuk grup sesuai dengan 4 kaidah teori grup yang antara lain adalah mempunyai identitas, mempunyai inverse, clossure (artinya kalau dioperasikan berturutan, pasti hasilnya akan sama dengan operasi lain dari grup yang sama). Satu lagi .... silahkan baca buku mengenai teori grup. Jadi, kalau ada 192 posisi atom dalam suatu kristal kubus, kita dapat memilih generator simetri saja (yang terdiri dari kurang dari 10 elemen simetri). Masing-masing elemen simetri mewakili satu posisi atom. Untuk memperoleh seluruh atom dalam satu sel satuan, kalikan saja semua generator simetri. Perkalian tersebut berhenti jika hasil perkaliannya menghasilkan simetri yang sudah di perhitungkan sebelumnya. Jadi dengan cara ini, kita dapat minta bantuan komputer untuk menuliskan seluruh posisi atom dalam sel satuan apapun dengan catatan kita tahu generator simetrinya. Pemilihan generator simetri sendiri tidak unik. Bagaimana cara memilih generator simetri ? ....... (kalau tak ada pertanyaan, tak akan ku bahas.... takut mubazir).

Apakah Refinement itu ?

Dalam suatu analisis data difraksi, orang (terutama dalam tulisan ilmiah berbahasa Inggris) sering menyebutkan "refinement". Ada sekelompok orang yang menterjemahkannya sebagai "penghalusan" dalam tulisan ilmiah berbahasa Indonesia. Celakanya, kelompok tersebut mengartikan data refinement sebagai penghalusan data. Weleh-weleh ... masak sih datanya dihaluskan ? Manipulasi data dong ? Jadi apa sih refinement itu ? Definisinya apa ? Apa ada padanan katanya dalam bahasa Inggris ? Kalau sudah tahu padanan katanya dalam bahasa Inggris, harusnya bisa dong menterjemahkannya ke bahasa Indonesia ? Apa ada kata baku nya dalam bahasa Indonesia ?

Menurut http://www.answers.com/topic/refinement, definisi refinement adalah:

1. The act of refining.
2. The result of refining; an improvement or elaboration.
3. The state or quality of being refined; cultivation, as in manners or taste.
4. A keen or precise phrasing; a subtle distinction.
   

Definisi tersebut akan lebih jelas jika kita gunakan pula kata lain dari refinement berdasarkan thesaurus juga dari website yang sama:

1. The act or process of removing physical impurities: clarification, purification.
2. High style in quality, manner, or dress: quality. Informal class. See style/good style/bad style.
3. Enlightenment and excellent taste resulting from intellectual development: civilization, cultivation, culture.
4. The ability to distinguish, especially to recognize small differences or draw fine distinctions: discrimination
   

Dari hal di atas, yang sangat relevan dengan proses refinement adalah kata clarification atau purification. Refinement adalah suatu proses pemilahan data penting dari data tak penting sehingga diperoleh informasi yang dapat membedakan sifat dasar dari cuplikan (sample) yang satu dengan yang lain. Dalam suatu proses karakterisasi bahan/cuplikan/sample, informasi tak penting biasanya terkait dengan instrumen/alat yang tidak berubah untuk cuplikan yang berbeda. Sebaliknya, dalam suatu proses karakterisasi instrumen/alat, informasi tak penting terkait dengan bahan standard. Untuk difraksi yang merupakan proses karakterisasi struktur kristal, informasi penting adalah struktur kristal yang merupakan jenis dan posisi atom. Perhatikan bahwa untuk kristal, posisi atom tersebut cukup dibatasi pada satu sel satuan kristal. Posisi atom dalam sel satuan tersebut membawa dimensi panjang, namun dimensi panjang tersebut biasa di letakkan dalam parameter kisi, sementara posisi atom dinyatakan sebagai suatu bilangan pecahan tak berdimensi antara 0 sampai dengan 1. Jadi, aku cenderung mengartikan data refinement sebagai pemilahan data.

Atau ada pendapat lain .... ?